软件著作权不仅指源代码，还包括相关开发文档，而且源代码中的算法、函数、变量等也很难用著作权来保护当前对于软件源代码可以通过软件著作权保护并不存在争议，但对于软件源代码能否通过商业秘密保护以及权利人能否在同一案件中既主张被告侵犯软件著作权，又主张被告侵犯商业秘密，则存在一定争议。
关于软件源代码存在的几个误区：一、软件源代码申请登记即已公开，不能获得商业秘密保护在我国，软件著作权登记只进行形式审查，而且只需提交源代码的前30页及后30页，另外许多企业在申请软著登记时，出于保密考虑，并不提交自行开发软件的源代码，或者仅提交公开常见代码，对于核心源代码并不提交。
在这种情况下，申请软件著作权登记并不代表软件源代码已公开，当然是可以主张商业秘密保护的二、涉及软件源代码的案件必须通过鉴定机构鉴定首先，鉴定必须存在基础，但当前很多案件中，被告并不提交其持有的源代码，在这种情况下，也就不存在鉴定的基础，因而无法进行鉴定；其次，如果被告主动提交源代码或者法院已经通过证据保全，保全了被告软件源代码的情况下，是否鉴定仍然要取决于源代码的复杂程度，比如当前知识产权法院和很多中级法院都设有技术调查官，对于一些小、中型软件开发程序，双方完全可以在技术调查官的主导下，通过源代码比对软件进行技术勘验及比对，而无须进行鉴定。
鉴定不仅费用高，比如很多鉴定机构，进行源代码比对是按源代码行数进行收费的，而且鉴定时间很长，少则几个月，多则几年当然，在涉及复杂软件源代码相似性比对时，仍会涉及到鉴定问题三、软件全部源代码都是商业秘密软件源代码获得商业秘密保护必须符合的条件为：不为公众所知悉；能为权利人带来经济利益、具有实用性；权利人采取了保密措施。
所以对于处于公有领域的源代码如开源代码等是不能主张商业秘密的，如果虽然是自行开发的源代码，但没有采取保密措施或者已通过其他途径公开了软件源代码，则这种情况下，也不能再主张商业秘密保护四、软件著作权与商业秘密存在竞合，只能择一而诉
关于涉及软件源代码案件，权利人可能既主张侵权软件著作权又主张侵犯商业秘密，在这种情况下，可能存在保护客体重合的问题，一般认为反不正当竞争法（商业秘密）为一般法，著作权法为特别法，特别法应优先适用但两者的一个关键区别在于，著作权法目的在于鼓励作品的创作和传播，而商业秘密保护目的在于维护公平的竞争秩序，两者制度功能并不一致，故应适用各自的法律规范，只是法院在判决赔偿时应有所考量，因为权利人不能因同一侵权人的同一侵权行为获得两次赔偿，否则会构成重复救济，这对于侵权人来说有违公平原则。
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