php教程入门(关于NAR和GB，只分享不评论)

生信的靠NAR灌水还是可以生存的，优秀的NAR和GB真的是养活了一大批既不做数据分析、也不做算法开发的生信民工，专注于data curation和网站建设，此类没有梦想的才是真正的科研民工DB灌水是可以搞，但一定是辅助，决不能主次颠倒。

好久没看DB的文章了，最近一看还是那么火爆，搜NAR single cell database就能出来一堆，切都是近一年内发表的，真是令人羡慕NAR每年还有个专门的issue：The 2022 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection。

有几个做得不错，越来越fancy了：2022 - CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers

2021 - DISCO: a database of Deeply Integrated human Single-Cell Omics data2021 - scAPAdb: a comprehensive database of alternative polyadenylation at single-cell resolution

2021 - Animal-eRNAdb: a comprehensive animal enhancer RNA database 【这个的开放框架最为简单】如果课题组人员充足，招一个专门做DB的学生还是不错的。

Y叔公众号看到的很有意思，评论也非常精彩！

1. 安装PHP - 相当于Python，php语言解释器12brew installphpbrew services start php1234567891011121314151617To enable

PHP inApache add the following to httpd.conf and restart Apache:LoadModule php_module /usr/local/opt/php/lib/httpd/modules/libphp

.soSetHandler application/x-httpd-phpFinally, check DirectoryIndex includes index.php

DirectoryIndex index.php index.htmlThe php.ini and php-fpm.ini filecan be found in:/usr/local/etc/php/8

.0/To start php:brew services start phpOr, ifyou dont want/needa background service you can just run:

/usr/local/opt/php/sbin/php-fpm--nodaemonize2. 安装composer - 相当于pip，通过配置mirror，可以下载不同的package1234curl -sS https:

//getcomposer.org/installer| phpmvcomposer.phar /usr/local/bin/composercomposer config -g repo.packagist composer https:

//mirrors.aliyun.com/composer/3. 安装thinkPHP - 相当于一个包，可以用来做网站1composer create-project topthink/thinktp

4. 安装bootstrap - HTML和CSS，样式集成器1cdtp

composer require twbs/bootstrap:55. 安装MySQL - 数据库，放数据的地方https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/macos-installation-pkg.html　

12345678#启动MySql服务：sudo/usr/local/mysql/support-files/mysql.server start#停止MySql服务：sudo/usr/local/mysql/support-files/mysql

.server stop#重启MySql服务：sudo/usr/local/mysql/support-files/mysql.server restart 不要装8.0，brew装5.7的123brew 

installmysql@5.7brew services start mysql@5.7mysql -uroot把mysql加入PATH1exportPATH=/usr/local/Cellar/mysql

@5.7/5.7.37/bin:$PATH

brew services start mysql@5.7

brew services stop mysql@5.7

sudomysqld_safe --skip-grant-tables --skip-networking

MySQL is configured to only allow connections from localhost by defaultTo connect run:mysql -urootmysql@5.7 is keg-only, which means it was not symlinked into /usr/local,

because this is an alternate version of another formula.If you need to have mysql@5.7 first in your PATH, run:

echo export PATH="/usr/local/opt/mysql@5.7/bin:$PATH" >> /Users/zxli/.bash_profileTo start mysql@5.7:

brew services start mysql@5.7Or, if you dont want/need a background service you can just run:/usr/local/opt/mysql@5.7/bin/mysqld_safe --datadir=/usr/local/var/mysql

设置密码【无法进入mysql则可以先进入安全模式】1setpassword forroot@localhost = password(123);退出1quit;6. 安装Apache web server - 负责执行浏览器请求的软件

1brew installapache21234# 开启服务sudoapachectl start# 关闭服务sudoapachectl stop1234Apache是Web服务器，负责回应所有收到的Web请求。

比如你访问http://zhihu.com/1.html，那么Apache就找到根目录下的1.html文件，将其中的内容返回   如果我需要这个地址能显示动态的东西，比如当前日期时间，那么就写一个PHP程序1.php，。

当Apache收到http://zhihu.com/1.php的请求时，通过CGI调用PHP解释程序，执行1.php文件的内容，然后将返回的字符串返回给客户端Nginx和apache的区别Apache是同步多进程模型，一个连接对应一个进程，而Nginx是异步的，多个连接（万级别）可以对应一个进程。

Nginx轻量级，抗并发，处理静态文件好Apache超稳定，对PHP支持比较简单，Nginx需要配合其他后端用，处理动态请求有优势，建议使用前端Nginx抗并发，后端apache集群，配合起来会更好如何理解这个开发框架？

123你就把服务器看成一间餐馆，apache是店面的传菜员，php是厨房的厨师有些饮料之类的（静态资源，如：HTML、CSS、JS、Images等），不用经过厨师，直接由传菜员传递给顾客（Client）。

如果需要厨师烹饪的菜式（例如：*.PHP等），就需要先等厨师把原始食材（php）烹饪完变成可以吃用的饭菜（静态资源），传菜员才能上菜12apache 是拉皮条的，php 是干活的Apache只能返回已经做好的静态html页面。

而PHP赋予了Apache能返回，由程序动态组装好html页面的能力7. 下载一个网站模板，成功搭建起来，并能理解网站源码，做出部分修改B5ThinkCMF基于 thinkphp 6.0 + bootstrap 3，构架的通用后台开发框架，简洁、易读、方便系统扩展及二次开发。

系统完全开源，数据库文件在public目录下构建数据库网站所必须的技能：理解ThinkPHP的基本运行逻辑连接数据库，将数据库的数据通过下拉框选择性的呈现；美化网站的模板数据导入数据库、数据库迁移网站部署到服务器上、域名解析

8. 将内网的电脑作为最终的服务器内网渗透花生壳内网穿透图文教程自建服务器解决外网访问内网的端口穿透映射域名绑定参考：PHP 教程 - 菜鸟教程 - 一切都是基于PHP语言的，最简单的面向对象的语言ThinkPHP6.0完全开发手册

Composer中文文档生物信息数据库搜遍全网都找不到一个开发生物信息数据库的教程其实有些数据库的工作量并不大，只是把线下的一些分析结果上传到服务器上，供用户搜索而已 网站上可视化的对象只有两个：表格和图片。

一些稍微复杂的结果就是network，这个有现成的插件可以实现，比较简单开发流程找一个类似的、自己觉得还行的数据库网站，从模仿开始学会用Chrome看网页源码，了解其大致设计理念，实现方法安装Tomcat。

MAC下安装配置Tomcat（小白向）Tomcat的使用（详细流程）https://tomcat.apache.org/download-90.cgi报错：12345$ sudosh ./startup

.shUnable to findany JVMs matching version "(null)".No Java runtime present, try --request to install

.Neither the JAVA_HOME nor the JRE_HOME environment variable is definedAt least one of these environment variable is needed to run this program

1MacOS X does not come with Java Development Kits (JDKs) pre-installed. Run java -version inthe terminal and you may be prompted to 

installJava.

Unless you already have JVM installed, inwhichcaseyou will see the build version number.　　

安装java，`java -version`运行Tomcat123sudosh ./startup.sh#####sh ./shutdown.sh此时应该可以正常打开http://localhost:8080/

安装MySQLmac环境下安装mysqlmysql基本操作命令汇总--笔记加路径：export PATH=/usr/local/mysql/bin:$PATHJQuery安装JavaScript教程 可视化

DatatablesHighChartsd3in-house R scripts证书CC Licenses 开发工具eclipse重要考虑网站流量的管理，不要被用户的操作搞崩了webserver必须要考虑算法的速度，服务器性能，排队系统。

 一定要构建出网站的本地版，迎合大数据客户的需求DjangoDjango 文档Django 教程安装比较简单，pip install django解决远程访问问题，Django运行访问项目出现的问题:DisallowedHost，修改 setting.py 文件，ALLOWED_HOSTS = [*]。

awesome-djangoawesome-django-cn`python manage.py runserver` GitHub协作开发环境GitHub真的不只是一个code cloud而已，它是超级强大的团队协作和版本管理的平台。

GitHub怎么合作代码最安全？如何使用 GitHub？ - 基本操作团队协作中的 Github flow 工作流程 - 团队协作COPY一个网站搜索：如何快速copy一个网站的html和css论如何优雅的复制一个网站的所有页面 - SiteCopy

如何扒一个网站完整的HTML+CSS源码，让所有网站都成为你的模板库如何快速克隆一个网站基本的html、css、JS技能HTML 教程参考示例：CancerSEA: a cancer single-cell state atlas

CancerSEA is freely available to the research community at http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA or http://202.97.205.69/CancerSEA and requires no registration or login. CancerSEA is deployed using tomcat (version 7.0.47) and tested in Mozilla Firefox, Google Chrome, and Apple Safari browsers. All the data are stored and queried by MySQL (version 5.6.40). Tables are visualized by Datatables (version 1.10.16). Graph charts are generated by HighCharts (version 6.1.0), d3 (version 5.4.0) and in-house R scripts.

示例：FerrDb: a manually curated resource for regulators and markers of ferroptosis and ferroptosis-disease associations

Development of FerrDbFerrDb was developed with HTML, CSS and JavaScript. JavaScript libraries jQuery (https://jquery.com/) and jQuery UI (https://jqueryui.com/) were used to enhance interactive features of the website. DataTables (https://datatables.net/) was used to display the data in tables. Cytoscape.js was used to visualize regulation networks on the web page (11). Annotation data sets were stored in JSON files, which were used as the core database to drive FerrDb. To keep gene symbols in FerrDb consistent with those in the HGNC database (https://www.genenames.org/), HGNC’s REST API (application programming interface) was used to verify genes in FerrDb. The FerrDb website was hosted by an Apache (http://www.apache.org/) web server that was deployed as an Amazon AWS EC2 instance (https://aws.amazon.com/) running Ubuntu 16.04 LTS (https://ubuntu.com/).

示例：A machine-compiled database of genome-wide association studieshttp://mulinlab.org/vsampler/index.html 

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/home.jsphttp://www.zhounan.org/ferrdb/http://gwaskb.stanford.edu/

原文链接：https://www.cnblogs.com/leezx/p/13685194.html来源网络整合，仅供技术分享，如有侵权请联系删除！今天就先给大家介绍到这里，需要生物软件的小伙伴关注公众号

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11、如果浙江大学李兰娟院士在MDPI杂志发表的SCI论文结果不能复现，会怎么样？12、为什么浙江大学李兰娟院士选择在MDPI杂志发表SCI论文13、施一公为什么没有推荐颜宁/柴继杰成院士候选人，李兰娟推荐了谁？

14、顶尖学者纷纷加入西湖大学，颜宁什么时候加入施一公团队15、由万建民院士Cell论文引起的一点思考和疑惑16、清华大学施一公团队为什么选择《International Journal of Molecular Sciences》发表SCI

17、西湖大学施一公团队在国际著名杂志IJMS发表重要论文给予我们的启示18、可以在施一公团队投稿的《International Journal of Molecular Sciences》上发表文章吗？

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